三、有限责任公司时期
（一）有限责任公司初期
2000年，省水利厅为推动省直水利施工企业市场化改制，创建公司制企业，鉴于公司为省直骨干施工单位，又处于快速发展时期，市场适应能力较强，改革创新意识强烈，再一次将公司作为省水利施工单位公司制改制的试点单位。
此时，虽然公司发展进入了较好的历史时期，但是按照事业单位管理体制，公司离退休职工工资、员工医疗费用仍由公司自行负担，公司还承担了大量的社会职能。当其时，国家市场经济配套体系正在建立过程中，为企业发展提供支持的养老、医疗、失业、工伤等社会保险制度，有的虽已建立，但覆盖有限，有的还正在研究论证或试点；而湖北省对国有事业单位改制，也没有制定相关制度和政策。因此，公司试行公司制改制，面临政策滞后、制度缺失和社会负担沉重等困难。
为完成公司制改制，公司以“改革的旗帜自己举，改革的路子自己闯”的精神，进行了多方调研，深入研究。省里没有政策依据，就比照武汉市的相关政策；养老保险不能按属地参与，就寻求省里的支持；社会负担沉重，就结合改制创新探索发展思路。为制定出切合公司发展实际的改制方案，曾九易其稿；但是，由于大家的疑虑聚焦在公司发展和市场空间上，担心改制是不是省里甩包袱，担心改制后的公司能不能实现更好的发展、能不能得到省水利厅一如既往的支持和关心，因此方案在1999年7月提交第二届职代会第三次会议审议时，没有得到职工代表的认同。
在省水利厅领导的关心和支持下，公司改制方案进一步完善后，2000年11月，公司召开实行公司制后的第一届职工代表大会通过决议，同意改制方案、员工持股方案和职工安置方案。2000年12月28日，湖北大禹水利水电建设有限责任公司正式挂牌成立，公司开始完全走向市场、进入市场经济的浩瀚洪流中。
随后，公司按照公司法和公司章程规定，建立起了股东会、董事会、监事会等公司治理结构，成立了员工持股会和持股员工代表大会。公司股东会由国有股股东和工会股东构成，省水利厅委托湖北省水利水电建设总公司为国有股股东代表，占公司股权8.04％，员工持股会委托工会持股，占公司股权的91.96%；选举许嘉民任董事长，聘任余中平任总经理；按照员工持股方案，建立起了员工持股会和员工持股会的决策机构——持股员工代表大会。由于公司改制实行全员参股，公司全体员工持有公司股权的91.96%，因此员工持股会成为公司的绝对控股股东，其决策机构——持股员工代表大会也就成为公司事实上的决策机构。
2002年6月，经建设部批准，公司重新取得水利水电施工总承包一级资质。
2003年，省水利厅按照省政府“脱钩改制”的要求，决定全面实施省水利施工单位改制，分别合并重组为两家一级总承包施工企业，并与省水利厅脱钩。按照省水利厅的改制重组部署，湖北大禹水利水电建设有限责任公司和湖北省水利水电工程一处合并重组为新的大禹公司，成立湖北大禹水利水电建设有限责任公司和湖北省水利水电工程一处合并重组工作组，负责合并重组工作。
2003年2月，经第一届持股员工（员工、工会会员）代表大会第二次会议决议，并经省水利厅批准，改制后的原湖北省水利水电工程一处与公司合并重组为新的湖北大禹水利水电建设有限责任公司。按照省水利厅批复和职代会决议，公司领导班子成员受让国有股退出时的全部股权，分别成为自然人股东，与原委托工会持股的员工持股会共同组成新的股东会，选举产生了新一届董事会、监事会。
2005年后，由于国家水利投入减少，公司经营形势日渐困难。2005年5月，公司党委和工会组织关系从省水利厅直属机关党委转至省工商联管理，公司完成与主管单位省水利厅的脱钩工作，公司进入完全自主经营、自主发展、自主改革、自主提高的发展新阶段。