二、事业单位企业化管理时期
1980年至2000年12月，公司进入事业单位企业化管理的时期。这一阶段的主要特点是：公司仍然为水利厅直属处级事业单位，领导班子、职工工资福利和身份均按事业单位体制由省水利厅主管，经费按企业化方式自筹使用，自主经营、自负盈亏。
1980年，省水利厅根据国家经济体制改革的要求，决定推行施工单位转轨改革，选定在公司试行“事业单位、企业化管理”体制，经费从全额拨款过渡为全额自筹，过渡期三年，自1980年起每年减少三分之一事业费拨款。公司在国家从计划经济体制向市场经济体制改革初期、在社会主义市场经济建设大幕刚刚开启的时候，就走到了改革的前沿，承担起了省水利系统施工单位改革开拓者的历史使命。
企业化管理机制激发了公司活力，过渡期第一年（1980年），除继续完成指令性施工任务外，另完成经营型施工项目产值128.9万元，资金结余47万元；过渡期第二年（1981年），完成经营型施工产值600万元，上缴利税55.7万元，资金结余103万元。因此，1982年起，省水利厅不再拨付给公司事业费，公司企业化管理过渡期提前结束。
公司实行企业化管理后，为适应工程施工管理需要，公司工程项目施工实行工程工区制，独立负责承建工程的施工组织和管理，公司项目负责人不再参与领导工程指挥部。工程工区管理班子由公司任命，实行主任负责制，统一负责所承建的工程项目的经营、施工，以及质量、安全、进度、成本和人力资源、机械设备、资金调配等。
此后，公司又探索进行工资含量百元包干、承包经营等管理机制改革，不断推动工程管理适应市场发展方向。
1985年，公司向省建设厅申办“施工企业资质等级证书”，企业定级为水利水电建筑一级、工业与民用建筑二级。
1989年5月，水利厅任命组建了新一届公司领导班子。新的领导班子提出，经营工作是公司的首要工作，并积极承接了枣阳石台寺工程、当阳巩河水库、五峰锁金山电站等湖北省八五重点工程或重要项目，深入推行与进度、产值、成本控制、质量等挂钩的责任承包管理，公司生产经营工作打开了新的局面；同时，积极推动干部队伍建设，一大批年轻化、专业化、知识化的大中专毕业青年技术管理人员快速成长为各级管理干部，公司各土建队负责人实现了年轻化、专业化。
1992年11月，经湖北省编制委员会核准，公司更名为湖北省水利水电工程二处，编制1000人，为处级事业单位，经费自筹。
1995年，因省水利施工企业经营状况均不理想，为改变各施工单位管理体制，进一步推动省水利施工单位市场化改革，深化人事用工制度改革，省水利厅再次决定，在公司试点竞聘处长，试行处长目标责任制和年薪制。1996年1月，经公开竞聘，省水利厅聘任了新的公司领导班子，并与新一届领导班子签订以年度产值、利润，以及安全、质量、职工工资等为考核主要内容的处长任期目标责任书，实行目标责任考核和年薪兑现考核制度，公司再次承担起了改革先锋的重任。
新的领导班子锐意进取，积极以改革措施推动处长目标责任的落实，在全省水利施工单位率先实行了领导班子年薪考核办法、队长年终奖励兑现制度、主管会计委派制、中层干部试用制度等，制定《项目法施工实施办法》，在公司开始推行项目法施工管理，进一步突破了过去习惯的以平均主义大锅饭为特征的事业单位分配制度和人事干部制度，再一次以改革释放了各种要素的活力。
1998年长江流域特大洪水后，国家水利建设迎来新的高潮。新的领导班子紧紧抓住历史性的机遇，公司生产经营实现了新的突破，公司发展进入新的历史时期。